Peuplé depuis la seconde milieu de la seconde moitié du premier millénaire, les différentes îles des Comores ont suivit une histoire très voisine sans être pour autant commune. C'est la France, puissance coloniale qui unie administrativement les îles. L'histoire des îles se séparent à nouveaux après 1976, après la formation de l'République fédérale islamique des Comores et le maintien de Mayotte sous administration française.

 Le peuplement originel  Les premières traces de peuplement datent du VI^e siècle et sont probablement des bantous provenant de la côte africaine. Ces premiers habitants mirent en place une organisation politique et sociale proprement africaine. Entre le VIIe et le XII^e siècle on suppose que les Austronésiens qui contribuèrent au peuplement de l’île de Madagascar, sont passés par les Comores, mais ne s’y sont pas établis. nitialement, les villages étaient régi par les doyens des familles les plus influantes qui portaient le titre de mafé, mfaume ou mafani à Anjouan ou Mohéli (Mfalume en kiunguja). Ces deux termes désignent les doyens qui sont les chefs des grandes familles ou des villages. Les mafe laissent la place assez rapidement à des Mabedja qui forment une chefferie dirigeante dans chaque village.

 L’islamisation    L'islam y apparaît au XI^e siècle avec l'arrivée d'une population arabo-persane de Chiraz^[1], accompagnés de leurs esclaves et introduire l'architecture et la charpente en construisant mosquée et habitation royale. La première mosquée de pierre fut construite à Mayotte en 1566 dans la ville de Chingoni. L’islamisation s’imposa dans toutes les Comores sur la côte, puis beaucoup plus lentement sur les hauteurs; Par la suite, les alliances politiques et matrimoniales des Arabo-Shiraziens avec les chefs comoriens entraînèrent un changement de l'organisation politique et la création de sultanats. L’organisation sociale de ces pseudo—sultanats n’est pas fondamentalement différente des chefferies côtières du continent. Ces îles formaient avec les sultanats de Zanzibar, Kilwa, Lamou... et les villes de la côte kenyane et tanzanienne une unité de culture swahilie prospère et de renommée, vivant du commerce d'esclaves, de l'ivoire et d'autres marchandises africaines destinées aux marchés orientaux.

Zone des langues swahilies

En 1506, une flotte d'arabo-Shirazi commandée par Mohamed ben Haïssa aborde l’archipel et en bouleverse la vie économique et sociale. Dès lors, des manuscrits en caractères arabes, notent l'arabe, le comorien ou le swahili, et permettent de reconstituer les généalogies des clans et des sultanats, au demeurant particulièrement complexes. Par la subjugation et par le jeux d'alliances, ils contribuèrent ainsi à l'établissement de nouveaux lignages matrimoniaux, surtout à la Grande Comore et à l’île d’Anjouan. Durant cette époque, le pouvoir est aux mains des nombreux sultans locaux dit batailleur^[2]. Finalement Anjouan, qu'on dit la plus arabe des îles, fini par prendre controle, peu ou prou, de Mohéli.

structure sociale    Les systèmes issues de cette union superpose des coutumes africaines et arabo-musulmanes n'étaient pas à même de fournir au détenteur du pouvoir les moyen de controler de grande surface. Ainsi à la Grande Comore, existera plusieurs sultanats dirigés par différents sultans qui accordent une importance honorifique à l’un d’entre eux, le sultan Tibé. A Anjouan, trois lignages royaux implantés dans les trois principales villes (Mutsamudu, Ouani et Domoni) se partagent le pouvoir.

Dans un tel système, doit tenir compte des avis d’un Grand Conseil (Mandjelissa) qui réunit les principaux grands notables. Le sultan est aussi secondé par des vizirs qui sont des relais du pouvoir dans certaines régions. On trouve aussi sur le plan local d’autres agents administratifs: naïb (assimilables à des chefs de canton), chef de la police, collecteurs d’impôts, chefs de village (nommés par le sultan) et chefs religieux. C’est de cette époque que datent les documents écrits et les manuscrits en langue arabe, en swahili ou en comorien, le tout présenté en alphabet arabe.

 De 1946 à l'indépendance   Les Comores obtinrent en 1946 une autonomie administrative vis à vis de Madagascar et Dzaoudzi fut choisie comme capitale du nouveau territoire. À partir de 1946, les Comores furent représentées directement au Parlement français pour la première fois en tant que tel et acquiert une certaine autonomie administrative grâce notamment à l'action de au député Said Mohamed Cheikh. Les Comores obtiennent également un Conseiller de la République (Jacques Grimaldi), et un Conseiller à l'Union française (Georges Boussenot). Un Conseil général, assemblée locale, est mis en place dans l'archipel pour représenter la population et discuter des problèmes locaux, mais le véritable pouvoir est toujours détenu par l'administrateur supérieur de la République Française. Le 15 juin 1953, plusieurs politiques comoriens osent sans y croire faire une déclaration commune demandant l’indépendance. En 1958, l’Assemblée territoriale des Comores choisit le statut de Territoires d'outre-mer, et en application de la loi-cadre, on crée le Conseil de gouvernement, organe exécutif toujours présidé par l'administrateur supérieur, entouré par des ministres désignés par le Conseil régional. Le poste de vice-président du Conseil de gouvernement, confié à Mohamed Ahmed est symbolique. Certains politiciens reprochent à la France de ne pas traité les Comores comme les autres TOM.

En 1956, en application de la loi-cadre “Deferre“, le Conseil de gouvernement, un organe exécutif, est créé. Présidé par l'administrateur supérieur avec des ministres désignés par le Conseil régional, et un poste de vice-président confié à Mohamed Ahmed purement symbolique.

En 1961, les îles obtinnent une autonomie interne très importante. Saïd Mohammed Cheikh devient Président du Conseil de Gouvernement, le premier personnage du Territoire, avant le haut-commissaire de la République. C'est à un autochtone, premier élu sur une liste présentée à l'assemblée locale de 31 membres, à qui revient la charge de présider le Conseil de gouvernement. Si l'éducation est très lagement négligée depuis le début de la colonisation, on ouvre cependant le premier lycée en 1963 à Moroni; un second suivra à Mutsamudu en 1970. Il s'efforce de faire élargir les compétences territoriales, surtout à partir de 1968. Cette période d'autonomie est marquée par un certain développement économique et social. Le réseau routier commence à être bitumé et les politiciens les plus autonomistes, après les événement de 1968 réclament l'indépendance ce qui aboutit au "Accords de juin 1973". En 1966, Saïd Mohamed Cheick fera transférer la capitale des Comores de Dzaoudzi à Moroni, ce qui provoquera la méfiance des élus de Mayotte envers les indépendantistes.

 La déclaration d'indépendance     Après les indépendances africaine des années 1960 des pays africains, un certain nombre d'intellectuels, grands Comoriens, pour la plupart, largement influencés par les idées zanzibarites, commencèrent à réclamer l'indépendance. D'un commun accord, dans un objectif d'indépendance concerté, la France proposa un référendum en 1973. En décembre 1974, Mayotte ne s'exprime pas comme les trois autres îles (à 65% pour le maintien contre 95% contre le maintien^[5]. Plusieurs explications sont données pour expliquer ce choix :

• La craintes des anjouanais de se sentir marginalisé dans un système politique dominé par la Grande Comore
• La crainte de voir le droit des femmes diminuées, épisode des mamies chatouilleuses
• La population est à près de 50% d'orgine malgache, utilisant le malgache comme langue première, et pour cette population relativement moins islamisé (pratique animiste sakalave).

La France quand a elle, estime que stratégiquement important de garder pied sur une de ces l'îles pour controler le canal du Mozambique. Une unité de la légion étrangère continu a y être stationnée.

Devant la volonté de la France de traité Mayotte d'une façon particulière, l'indépendance fut déclarée unilatéralement par la République Fédérale Islamique des Comores, le 6 juillet 1975, par la voix de l'anjouanais Ahmed Abdallah. En 1976 un autre référendum confirme le vote de Mayotte. Les périodes historiques suivantes qui divergent d'une façon importante, sont relatées dans l'histoire des Comores et l'Histoire de Mayotte.